Agama Mesir diperkirakan berawal sejak masa prasejarah, bersumber pada kenyataan yang hanya berasal dari catatan arkeologi sangat tidak sering dan ambigu. Pemakaman yang teliti sejauh Periode Pradinasti menyiratkan jika orang- orang pada masa ini percaya pada sebagian bentuk kehidupan sehabis kematian. Pada disaat yang sama, hewan- hewan dikuburkan secara ritual, sesuatu aplikasi yang dapat jadi mencerminkan perkembangan dewa zoomorphism( penggambaran dewa dalam bentuk hewan) semacam yang ditemui dalam agama sesudahnya.

Terdapat kenyataan yang samar mengenai dewa- dewa dalam wujud manusia, dan jenis dewa ini dapat jadi kemunculannya lebih lelet dibanding dalam wujud hewan. Masing- masing daerah di Mesir dini mulanya memiliki dewa pelindungnya sendiri, tetapi karena komunitas- komunitas kecil ini silih menaklukkan maupun menyerap satu sama lain, dewa dari wilayah yang kalah dimasukkan ke dalam mitologi dewa lain maupun diserap keseluruhannya. Mengenai ini menghasilkan panteon yang area, yakni sebagian dewa tetap berarti hanya secara lokal, kebalikannya yang lain tingkatkan makna yang lebih universal. Bertepatan pergantian waktu dan perpindahan kerajaan semacam kerajaan pertengahan, kerajaan baru, dan kerajaan lama, biasanya agama yang mengikutinya tetap di dalam batas- batasan wilayah tersebut.

Periode Dinasti Dini dimulai dengan penyatuan Mesir dekat 3000 SM. Peristiwa ini mengubah agama Mesir, karena sebagian dewa jadi kepentingan nasional dan pemujaan firaun yang agung jadi fokus utama kegiatan keagamaan. Horus diidentifikasi sebagai raja, dan pusat pemujaannya di ibukota Mesir Hulu, Nekhen. Nekhen ialah salah satu website keagamaan sangat berarti pada masa itu. Pusat berarti yang lain ialah Abydos, tempat para penguasa dini membangun area pemakaman yang cukup megah.